1、涉及对象不同：就业协议书涉及毕业生、用人单位和学校，但其主体是毕业生以及单位；劳动合同仅涉及劳动者和用人单位。2、签约内容不同：
就业协议书主要确定毕业生就业和单位接收毕业生的意向，涉及派遣、人事档案、户口等政策性事宜；
劳动合同主要涉及劳动者和用人单位的岗位、待遇等权利和义务。
两者之间的联系：谈好的工作福利待遇建议在就业协议书中写明，以作为劳动合同条款的依据。
3、签约时间不同：
就业协议书一般是毕业生在校期间（或暂缓就业期、择业期）与用人单位签订的协议；劳动合同一般是劳动者去单位工作时签订。
4、法律适用、争议处理方式不同：
就业协议书属于普通民事协议，受《民法总则》、《合同法》等民事法律调整；劳动合同受《中华人民共和国劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律调整。
5、法律效力时段不同：
（1）就业协议书的效力从签订之日起至毕业生到用人单位报到、用人单位正式接收后终止；劳动合同为合同约定期限内有效。
（2）当然，签订劳动合同时，原就业协议中约定的岗位、工资待遇等，应作为签订劳动合同的依据。若相同事项，劳动合同与就业协议不一致的，以后签订的合同、最新的意思表示为准。
6、违约金范围不同：
就业协议书在不违反法律规定的情况下可自由约定违约金；劳动合同的违约金仅适用于违反服务期约定和违反竞业限制两种情况。
因就业协议书所涉及的关系不属于劳动关系，不适用劳动法律，不属于劳动行政部门的受理范围，其属于普通民事法律关系，故解决其纠纷可参考一般民事纠纷解决的流程。按照民事纠纷的解决流程，一般是“协商——调解——法院诉讼或仲裁”。首先，毕业生和用人单位双方可以先友好协商解决问题。在现实操作中，有很大一部分纠纷可以通过协商得到解决，节省双方时间和精力。
其次，在双方矛盾比较激烈，无法平静友好协商或觉得不平等无法协商等情况下，一方可以申请用人单位所在地的人民调解委员会进行调解。（比如单位所在地XX区XX街道人民调解委员会）
最后，如果协商、调解都达不到效果或者双方矛盾非常激烈，其中一方拒绝协商和调解，一定要对簿公堂的情况下，可以选择去人民法院起诉或向仲裁机构申请仲裁，请注意法院诉讼和仲裁只能二选一。（通常选择法院诉讼）
请同学们注意：不管是何种纠纷解决方式，都会花费一定的时间和精力，而且越往后的程序越费时费力。如果最后要走法院或仲裁流程，耗时更长（可能一年半载），对毕业生的就业会有一定的拖延和阻碍。故希望同学们签约前考虑清楚，谨慎签约，尽量避免后续的不利因素。
